DNAstack Launches COVID-19 Beacon to Accelerate Sharing Genomic Data in the Fight Against Novel Coronavirus
TORONTO, Ont. (Mar. 20, 2020) — DNAstack today introduced a Beacon for SARS-CoV-2, commonly known as COVID-19, available at covid-19.dnastack.com. This beacon will enable the scientific and medical communities to share and discover knowledge about the genetics of the virus in real time.
COVID-19 has quickly become a global pandemic, with more than 209,800 confirmed cases and 8,770 deaths in 168 countries to date. Analysis of the viral genomes, combined with clinical and epidemiological data, can track whether the virus is changing and how it is being transmitted, and potentially identify targets for diagnostics, treatments, and vaccines.
“There is an urgent need to respond to this virus in a coordinated way and we urge researchers and clinicians worldwide to openly share genetic and other biological data to fight COVID-19,” said Marc Fiume, CEO of DNAstack. “What we know about the virus is changing hourly as researchers and clinicians accumulate and analyze data. At DNAstack, we are looking to deploy our technologies for biomedical data access, discovery, and analysis to support researchers investigating the virus, starting with Beacon. The COVID-19 Beacon will allow information about genetic variants to be shared instantly using software that follows an open international standard.”
Researchers can use the new Beacon to discover sequences with specific genetic mutations and map their geographic and evolutionary origins. The platform integrates derivative data from genetic sequencing libraries like GISAID and links to Nextstrain pathogen evolution visualizations. Sharing genomic information over a cloud-based global network has the potential to improve our knowledge at a speed and scale that isn’t otherwise possible, and inform new ways to fight the virus.
DNAstack’s effort to build foundational software for collaborative biomedical research has been stimulated through its membership in the Digital Technology Supercluster, a cross-industry collaboration of diverse organizations that aims to position Canada as a global leader in digital technologies while solving industry’s and society’s most challenging problems.
“DNAstack has demonstrated remarkable leadership in their innovative and collaborative approach towards finding a solution for COVID-19,” said Sue Paish, CEO, Digital Technology Supercluster. “The global opportunity to aggregate, track and share real-time data across medical communities has enormous potential to unlock a cure for the virus. On behalf of the Digital Supercluster, we are proud and optimistic to be partnering with DNAstack in support of accelerating the impact of this project.”
By bringing together small and large companies, research organizations and government agencies, the Supercluster aims to make an impact with the speed and magnitude that no single organization could achieve on its own. The Supercluster manages investments provided by the Government of Canada’s Innovation Superclusters Initiative and the public and private organizations that constitute its membership.
To create this service, DNAstack has leveraged an existing technical standard that has powered millions of searches across billions of genetic mutations found in human subjects, to enable the real-time discovery of mutations in strains of the virus being sequenced around the world. The COVID-19 Beacon is compliant with the Beacon API, an internationally recognized open-source protocol developed by the Global Alliance for Genomic and Health (GA4GH). The system is deployed on Microsoft Azure, a cloud computing platform with global reach and scalability, which will afford researchers unprecedented capacity and data access controls as analytic features and clinical data are integrated.
“We are proud to support innovators like DNAstack through our membership in the Digital Technology Supercluster,” said Kevin Peesker, President of Microsoft Canada. “This solution put forward by DNAstack will help to bring researchers together in this challenging time.”
The COVID-19 Beacon is a first step in DNAstack’s efforts to support the research community with cloud-based tools for discovering, accessing, socializing, and computing on data related to the virus. This service is intended to help share data on COVID-19 as broadly as possible, and connect a global ecosystem of data generators and researchers. DNAstack invites those interested in making data available through this service, or using it for analysis, to get in touch.
About DNAstack
DNAstack’s mission is to improve the lives of millions of people by breaking down barriers to data sharing and discovery. DNAstack develops standards and technologies for scientists to more efficiently find, access, and analyze the world’s exponentially growing volumes of genomic and biomedical data. For additional support or partnership interest, please contact us by email to info@dnastack.com.
For DNAstack media requests please contact Christine Beyaert at christine@dnastack.com or 647–968–7270. For media requests related to the Digital Technology Supercluster please contact Elysa Darling at elysa@switchboardpr.com or 587–890–9833.
DNAstack lance sa plateforme Beacon dédiée à la COVID-19 pour accélérer le partage de données génomiques et lutter contre le nouveau coronavirus
TORONTO (Ontario) (Le 20 mars 2020) — DNAstack a présenté aujourd’hui sa plateforme Beacon dédiée au SARS-CoV-2, mieux connu sous le nom de COVID-19. Accessible à l’adresse covid-19.dnastack.com, elle aidera les scientifiques et la collectivité médicale à partager et à obtenir de l’information concernant la génétique du virus, et ce, en temps réel.
La COVID-19 est rapidement devenue une pandémie d’envergure mondiale, comptant jusqu’à présent plus de 209,800 cas confirmés et 8,770 décès dans près de 168 pays. Les analyses des génomes viraux ainsi que les données cliniques et épidémiologiques recueillies permettent de suivre l’évolution du virus et de déterminer les modes de transmission. Elles pourraient également permettre d’établir les structures à cibler pour les diagnostics, les traitements et les vaccins.
Marc Fiume, PDG de DNAstack, affirme ceci : « Un besoin urgent se fait sentir de coordonner nos efforts face à ce virus. Nous implorons donc les chercheurs et les cliniciens du monde entier de publier ouvertement les données biologiques et génétiques à l’échelle mondiale pour combattre la COVID-19. L’information que nous détenons concernant le virus évolue d’heure en heure à mesure que les chercheurs et les cliniciens amassent des données et les analysent. DNAstack cherche à mettre à profit ses technologies pour favoriser la découverte et l’analyse de données biomédicales ainsi qu’en faciliter l’accès afin de soutenir les chercheurs qui étudient le virus, en commençant par la plateforme Beacon. Cette plateforme dédiée à la COVID-19 permet de partager instantanément l’information concernant les variantes génétiques au moyen d’un logiciel qui respecte une norme internationale ouverte. »
Les chercheurs peuvent utiliser la nouvelle plateforme Beacon pour découvrir des séquences portant des mutations génétiques précises et retracer leurs origines tant sur le plan géographique qu’évolutif. La plateforme intègre des données dérivées provenant de banques de séquences génétiques telles que GISAID et qui sont liées aux graphiques sur l’évolution des pathogènes de Nextstrain. Le partage des informations génomiques au moyen d’un service infonuagique pourrait nous permettre d’élargir nos connaissances à une vitesse et à une portée qui ne serait autrement pas possibles, et de trouver de nouvelles façons de combattre le virus.
L’effort d’ADNstack pour créer des logiciels fondamentaux pour la recherche biomédicale collaborative a été stimulé par son adhésion au Digital Technology Supercluster, une collaboration interprofessionnelle de diverses organisations qui vise à positionner le Canada comme un leader mondial des technologies numériques tout en résolvant les problèmes les plus difficiles de l’industrie et de la société.
«DNAstack a démontré un leadership remarquable dans son approche innovante et collaborative pour trouver une solution pour la COVID-19», a déclaré Sue Paish, PDG, Digital Technology Supercluster. «L’opportunité mondiale d’agréger, de suivre et de partager des données en temps réel entre les communautés médicales a un énorme potentiel pour débloquer un remède contre le virus. Au nom du Digital Supercluster, nous sommes fiers et optimistes de nous associer à DNAstack afin d’accélérer l’impact de ce projet.»
L’effort d’ADNstack pour créer des logiciels fondamentaux pour la recherche biomédicale collaborative a été stimulé par son adhésion au Digital Technology Supercluster, une collaboration interprofessionnelle de diverses organisations qui vise à positionner le Canada comme un leader mondial des technologies numériques tout en résolvant les problèmes les plus difficiles de l’industrie et de la société.
«DNAstack a démontré un leadership remarquable dans son approche innovante et collaborative pour trouver une solution pour la COVID-19», a déclaré Sue Paish, PDG, Digital Technology Supercluster. «L’opportunité mondiale d’agréger, de suivre et de partager des données en temps réel entre les communautés médicales a un énorme potentiel pour débloquer un remède contre le virus. Au nom du Digital Supercluster, nous sommes fiers et optimistes de nous associer à DNAstack afin d’accélérer l’impact de ce projet.»
En créant une alliance entre des petites et grandes entreprises, des organismes de recherche et des organismes gouvernementaux, la Supergrappe vise à exercer une influence sur l’industrie à une vitesse et à une portée qui seraient hors d’atteinte sans collaboration. La Supergrappe gère des investissements fournis par le gouvernement du Canada dans le cadre de l’Initiative des supergrappes d’innovation ainsi que par les entreprises publiques et privées qui en sont membres.
Pour créer ce service, DNAstack a mis à profit une norme technique existante ayant alimenté des millions de recherches dans le cadre de milliards de mutations génétiques trouvées chez des patients humains afin de favoriser la découverte en temps réel de mutations dans certaines structures du virus séquencées à travers le monde. La plateforme Beacon dédiée à la COVID-19 est conforme à l’interface de programmation Beacon, un protocole à code source libre reconnu mondialement et mis en place par l’organisation Global Alliance for Genomic and Health (GA4GH). Le système est déployé sur Microsoft Azure, une plateforme infonuagique d’envergure mondiale qui permet aux chercheurs de profiter de capacités et d’un contrôle d’accès aux données sans précédent à mesure que les fonctions d’analyses et les données cliniques sont intégrées.
«Nous sommes fiers de soutenir des innovateurs comme DNAstack grâce à notre adhésion au Digital Technology Supercluster», a déclaré Kevin Peesker, président de Microsoft Canada. «Cette solution proposée par DNAstack contribuera à rapprocher les chercheurs en cette période difficile.»
La plateforme Beacon dédiée à la COVID-19 représente une première étape quant aux efforts de DNAstack pour soutenir le milieu de la recherche grâce à des outils basés dans le nuage qui favorisent la découverte, le partage et l’informatisation de données liées au virus, et qui en facilitent l’accès. Ce service a pour but d’aider à partager les données concernant la COVID-19 à grande échelle et de connecter un écosystème mondial de générateurs et de chercheurs de données. DNAstack invite les personnes qui souhaitent rendre des données accessibles au moyen de ce service ou s’en servir aux fins d’analyse à communiquer avec nous.
À propos de DNAstack
DNAstack a pour mission d’améliorer la vie de millions de personnes en abolissant les frontières du partage et de la découverte de données. DNAstack met sur pied des normes et des technologies pour les scientifiques afin de permettre de rechercher et d’analyser plus efficacement le volume sans cesse grandissant de données génomiques et biomédicales, et d’y accéder plus facilement Pour obtenir de l’aide supplémentaire ou pour nous signifier votre intérêt à collaborer avec nous, veuillez écrire un courriel à l’adresse info@dnastack.com.
